Из трех файлов вам понадобится только один и его выбор будет зависеть от того в какой палитре вы вышиваете 
-  XSD Gamma – содержит в себе заводские номера мулине Гамма, если вы пользуетесь этой палитрой
-  XSD DMC – содержит в себе номера мулине DMC, соответственно
-  XSD Держатель – содержит в себе номера в соответствии с держателем (органайзером) мулине, который вложен в комплект материалов
Чем нам не угодила порядковая нумерация в первых двух файлах?
Ответ простой – все дело в эстетике держателя и автоматической порядковой нумерации мулине в Saga
Сага располагает номера мулине в порядке номеров самих мулине (см. правый столбик на рисунке), тогда как мы на держатель крепим мулине в соответствии с цветовой палитрой, плавной растяжкой, придерживаясь эстетики и приятного внешнего вида (см. левый столбик) 
И, например, если у нас в комплекте цвет 0930 висит на держателе под № 1, то в Саге он – № 7
Хоть Сага и позволяет поменять вручную порядковые номера, она не сохраняет эту новую нумерацию при передаче файлов. В этом случае каждому покупателю пришлось бы для удобства самостоятельно менять порядковые номера, тратить на это время.